BKK Palangka Raya memiliki 2 Pos Bandara dan 4 Wilayah Kerja (Wilker) dalam rangka pelaksanaan tugas pokok dan fungsinya. Adapun Wilker yang ada dibawah koordinasi BKK Kelas II Palangka Raya adalah:
- Pos Bandara Tjilik Riwut yang berlokasi di Kota Palangka Raya
- Pos Bandara Haji Muhammad Sidik yang berlokasi di Kabupaten Barito Utara
- Wilker Pelabuhan Laut Kapuas yang berlokasi di Kabupaten Kapuas
- Wilker Pelabuhan Laut Pulang Pisau yang berlokasi di Kabupaten Pulang Pisau
- Wilker Pelabuhan Laut Pegatan Mendawat yang berlokasi di Kabupaten Katingan
- Wilker Pelabuhan Khusus Kelanis yang berlokasi di Kabupaten Barito Selatan
